Rok un popdziesmu aptaujas „Muzikālā banka” vēsture sākās 2000. gada 1. jūnijā, kad „Latvijas Radio 2” ēterā Normunds Rutulis un Baiba Palkavniece pieteica pirmo aptaujas dziesmu – „Sitiet bungas”, ko izpildīja „Autobuss debesīs” un kas togad finālbalsojumā ieņēma 4. vietu. Par aptaujas pirmā gada vērtīgāko dziesmu kļuva Gunāra Kalniņa „Baltā dziesma”. Pirmā „Muzikālās bankas” apbalvošanas ceremonija notika Rīgā, klubā „Kardināls”.

Aptauja un tās regulārie raidījumi „Latvijas Radio 2” ēterā guva necerētus panākumus, jo klausītāji bija lieliski sapratuši veidotāju ideju – radīt tautas aptauju, kurā nav žūriju vai ierakstu kompāniju ietekmes. „Muzikālā banka” auga plašumā un 2002. gadā tās apbalvošanas ceremonija no Rīgas pārcēlās uz Ventspili ar tiešraidēm Latvijas TV.

Laikā gaitā „Muzikālā banka” bija kļuvusi par nozīmīgāko aptauju ne tikai klausītāju un skatītāju, bet arī mūziķu vidū. „Tā nav sacensība, tā nav olimpiāde, tas ir spogulis saiknei ar klausītāju, jo dziesma tikai tad ir dzīva, ja to kāds patiesi klausās. „Latvijas Radio 2” un „Muzikālās bankas” reitingus nav izdevies „pārsist” nevienai citai radiostacijai,” stāsta aptaujas raidījumu producente Maija Tālberga.

2006. gadā „Muzikālā banka” „Latvijas Radio 2” ēterā neskanēja, jo pēc sešu gadu intensīva darba aptaujas veidotāji nolēma atvilkt elpu. Taču uz radio tika sūtītas neskaitāmas vēstules un epasti ar lūgumu atjaunot dziesmu aptauju, tāpēc 2007. gadā „Muzikālās banka” komanda pilnā sastāvā ir atgriezusies – atgriezusies stiprāka un idejām bagātāka nekā jebkad agrāk, lai turpinātu skaisti iesāktās tradīcijas... Ilggadējs „Muzikālās bankas” sadarbības partneris bijusi SEB Unibanka, tāpēc atgriežoties, aptaujai ir jauns nosaukums „SEB Muzikālā banka”.

„Muzikālās bankas” septiņos pastāvēšanas gados saņemts vairāk nekā viens miljons balsojumu. No 2007. gada 1. septembra „SEB Muzikālā banka” sāk skaitīt balsis ceļā uz otro miljonu!

No 2008. gada janvāra būtiski mainīts "SEB Muzikālās bankas" nolikums. Izmaiņas galvenokārt skārušas principus un kritērijus, pēc kādiem dziesmas tiek iekļautas aptaujā un aptaujas finālbalsojumā. Izmaiņas nodrošinās vienlīdzīgākus noteikumus visām dziesmām astronomiskā gada garumā.

2008. gada rudenī no raidījuma vadītāja pienākumiem atsakās Normunds Rutulis. Viņa vietā stājas  Baibas Palkavnieces kolēģis no "Latvijas Radio 2" -  Kaspars Mauriņš.

2008.gadā arī Finālbalsojuma kārtībā tika ieviestas izmaiņas. Gada vērtīgāko dziesmu noteica gan klausītāji (50 %), gan īpaša ekspertu padome (50 %), kurā iesaistījās profesionāli, ar aptaujas fināldziesmām nesaistīti mūziķi. Ekspertu padomē darbojās un arī ar īpašiem priekšnesumiem apbalvošanas ceremonijā uzstājās Uldis Marhilēvičs, Zigmars Liepiņš, Sergejs Jēgers, Inese Galante, Nauris Puntulis, Olga Pīrāgs, Ivars Cinkuss, Aleksandrs Viļumanis, Zigfrīds Muktupāvels un Ieva Akuratere. Dziesmas vērtēja arī mūzikas kritiķi Daiga Mazvērsīte un Uldis Rudaks.

2009. gadā  „SEB Muzikālās bankas” ekspertu padomē darbojās Kristīne Opolais, Jānis Apeinis, Ingus Pētersons, Juris Kulakovs, Jānis Lūsēns, Māris Sirmais, Mirdza Zīvere, Viktors Lapčenoks, Rihards Zaļupe, Aivars Hermanis un Juris Karlsons. Dziesmas vērtēja arī muzikologs Orests Silabriedis un mūzikas kritiķe Inese Lūsiņa. 

Arī 2010. gada sezonā vērtīgāko dziesmu noteica gan klausītāji (50%), gan arī īpašā ekspertu padome (50%), kurā darbojās Normunds Šnē, Māris Briežkalns, Pits Andersons, Boriss Rezņiks, Valts Pūce, Arnis Mednis, Raimonds Ozols, Niks Matvejevs, Imants Vanzovičs un Margarita Vilcāne. Par Gada Vērtīgāko dziesmu kļuva Nikolaja Puzikova dziedātā "Dievs Tevi Mīl." 2011. gada sezonā raidījums piedzīvo izmaiņas to vadītāju Baibas Palkavnieces un Kaspara Mauriņa vadībā.